<급식 아빠>의 주인공 ‘김재한’은 웹툰 작가였다. 그가 연재하는 웹툰은 평범했던 한 남자가 좋아하는 여고생을 지키기 위해 싸움의 기술을 연마하여 악당을 물리치는 내용이었다. 그런 ‘김재한’에게는 눈에 넣어도 아프지 않은 4살 된 딸 ‘김다연’이 있었다. ‘김재한’은 웹툰 작가로서 마감에 치이는 삶을 살고 있었지만 아내 ‘윤세나’와 딸 ‘김다연’과 함께 더할 나위 없는 평온하고 행복한 삶을 살아갔다.

 

겨우겨우 마감을 끝내고 작업방에서 나온 ‘김재한’을 ‘김다연’이 맞이했다. ‘김다연’은 아빠랑 함께 놀고 싶다고 애교도 부리고 투정도 부렸지만, ‘김재한’은 밤을 샌 나머지 다음에 놀아주겠다고 하고 잠이 든다. 그리고 ‘김재한’은 다음날 아침 11시에 일어났다. 딸과 놀지 못한 미안함과 그리움이 더해져 ‘김재한’은 아내 ‘윤세나’와 함께 딸 ‘김다연’을 데리러 어린이집으로 향했다.

 

어린이집을 향해 차를 타고 가던 ‘윤세나’는 ‘김재한’에게 어린이집 선생님들에게 드릴 음료를 사기 위해 삼거리 편의점 앞에 차를 세워달라고 말한다. ‘윤세나’는 편의점으로 향했고, ‘김재한’은 홀로 차에서 기다리고 있었다.  그 순간 “끼이이이이익”이라는 소리와 함께 덤프트럭이 ‘김재한’이 타고 있는 차로 돌진했고, 그대로 덤프트럭과 차는 부딪히게 되었다.

 

그리고 ‘김재한’은 죽었다. 영혼이 된 ‘김재한’은 자신의 영정사진 앞에서 좌절하고 있는 ‘윤세나’와상복을 입은 딸 ‘김다연’의 모습을 보고 얼굴을 보며 고통스러워했다. 그 때 ‘김재한’에게 『그』가 찾아왔고, ‘김재한’의 영혼은 현 세계에 남게 되었다.

 

그리고 시간이 흘러 딸 ‘김다연’은 고등학생이 되었다. 학교 일진의 고백을 안 받아줬다는 이유로 ‘김다연’은 학교에서 왕따가 되어있었다. ‘김다연’ 얼굴에 있는 멍자국이 의심스어웠던 ‘김재한’의 영혼은 딸이 다니는 고등학교에서 딸이 왕따를 당한다는 사실을 알게 되었다.

 

하지만 ‘김재한’은 이런 딸의 모습을 바라 볼 수만 있을 뿐 ‘김다연’을 위해 할 수 있는 일이 아무것도 없음에 자신이 한없이 무능하게 느껴졌다. ‘김재한’은 딸을 괴롭히는 일진들을 복수하기로 다짐하는데…